Pravděpodobně nejvýznamnější a také nejkontroverznější změnou doprovázející vstup České republiky do Evropské unie byla, a to nejen pro podnikatele, rozsáhlá změna systému uplatňování DPH. Dnem 1. května 2004 nabyl účinnosti nový zákon č. 235/2004 Sb., který nahradil stávající zákon č. 588/1992 Sb., o dani z přidané hodnoty.