Během topné sezony, kdy bylo topení několik měsíců v provozu, se může spalovací komora kotle zanést, což zhoršuje účinnost systému a má za následek vyšší spotřebu energie na přípravu teplé vody v létě a na vytápění v zimě, tedy vyšší náklady. Následkem dlouhodobého zanedbávání pravidelné údržby může docházet u kotlů s odvodem spalin do komína i k silnému znečištění výměníku a následnému úniku spalin do okolního prostředí.