Názory Ministerstva zemědělství a Ministerstva životního prostředí na vody ve štěrkovištích se diametrálně liší. MŽP poukazuje na vysokou jakost těchto vod a požaduje pro ně vysoký stupeň ochrany s ohledem na potenciální zdroj pitné vody. MZe naopak označuje tyto vody za povrchové, tj. s benevolentnějším přístupem k ochraně.