Ministerstvo životního prostředí chce významnou část výnosů z povolenek využít na pokračování dotačního programu Zelená úsporám, který dříve sloužil na podporu zateplování budov či energeticky efektivních spotřebičů. Část získaných peněz má jít také na zvyšování energetické účinnosti v průmyslu, zejména v teplárenství.

Poslanci v závěrečném schvalování odmítli rozšířit zákon o možnost použití peněz z prodeje povolenek také na podporu lokálních zdrojů tepla z obnovitelných zdrojů, jak navrhoval výbor pro životní prostředí.

Poslanci neschválili ani žádný z návrhů, který měnil poměr, v jakém se budou peníze z prodeje povolenek smět využívat.

Ministr Tomáš Chalupa a náměstek Ivo Hlaváč vedli jednání prvního kulatého stolu k emisním povolenkám, leden 2012

Ministr životního prostředí Tomáš Chalupa poslancům řekl, že ministerstvo chystá v horizontu několika dní představit program, jehož součástí bude i podpora výměny domácích topenišť z tuhých fosilních paliv na paliva z obnovitelných zdrojů. Půjde například o štěpku nebo pelety. Program má obecně podporovat úspory energií u konečných spotřebitelů, hlavně domácností, ale i u veřejných budov.

Energetické firmy si musí od příštího roku nově pořizovat emisní povolenky, jak vyžadují pravidla EU. Aby se však zabránilo skokovému nárůstu nákladů firem na povolenky, a tím zdražení elektřiny či tepla pro spotřebitele, budou podniky část povolenek dostávat zdarma. Ušetřené peníze mají investovat do ekologických opatření.
Tomáš Chalupa, ministr životního prostředí:
"Tato výjimka má řadu podmínek a v návrhu zákona jsou upraveny tak, aby proces vykazování provedených investic a následné bezplatné alokace mohl začít již v listopadu roku 2012."