Základním principem čištění vegetační kořenovou čistírnou je průtok odpadní vody substrátem, který je osázen mokřadní vegetací. Kořenová čistírna je vhodná zejména při přerušovaném provozu zdroje odpadních vod (rekreační objekty, chalupy, letní tábory), při kolísaní koncentrace a množství odpadních vod a při přítoku zředěných odpadních vod, např. z jednotné kanalizace.